flowTime

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowTime

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅flowTime。

注释和分析生物动力系统使用流式细胞仪

Bioconductor版本:3.14

这个包促进timecourse和稳态分析流式细胞仪实验。这个包是originially为量化开发酵母基因调控网络的功能(应变W303)蛋白表达荧光记者使用BD Accuri C6和SORP血细胞计数器。然而,大部分的功能一般可以用于分析其他有机体血细胞计数器使用其他流。函数在这个包中促进流式细胞术的注释数据与试验元数据,经常需要出版和一般让重复使用更加方便。函数用于创建、保存和装载门集也包括在内。在过去,我们通常会生成的摘要统计信息为每个计算每个flowset然后注释和分析这些汇总统计。这种方法失去了大量的力量,来自于大量的单个细胞生成的数据在流式细胞术,从本质上崩溃后会进入一个批量测量这些数据构造子集。除了这些汇总功能,这个包还包含函数来促进稳态或延时数据利用的注释和分析所有的数据收集在每个样本从成千上万的单个细胞。

作者:r .粘土赖特(aut (cre),伊迪丝·尼克·博尔顿(aut) Pierre-Jerome (aut)

维护人员:r .粘土赖特<赖特。粘土在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“flowTime”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“flowTime”)

HTML	R脚本	流式细胞仪数据的稳态分析
HTML	R脚本	时间进程的流式细胞术分析数据
HTML	R脚本	酵母控制
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,DataImport,FlowCytometry,ImmunoOncology,软件,TimeCourse,可视化
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),flowCore
进口	跑龙套,dplyr(> = 1.0.0),宠物猫,magrittr,plyr,rlang
链接
建议	knitr,rmarkdown,flowViz,ggplot2,BiocGenerics统计数据,flowClust,openCyto,flowStats,ggcyto
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	flowTime_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	flowTime_1.18.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	flowTime_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowTime
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ flowTime
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowTime/
包下载报告	下载数据