这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅鱼池。
Bioconductor版本:3.14
鱼池包含微分的方法记录使用推论RNA-seq数据复制和基因表达分析的不确定性量化,由吉布斯抽样或引导抽样。还包包含实用程序用于处理大马哈鱼和小鲑鱼量化文件。
作者:Anzi朱(aut,施莱),迈克尔·爱(aut (cre), Avi斯利瓦斯塔瓦(aut,施莱),抢劫Patro (aut,施莱),约瑟夫·易卜拉欣(aut,施莱)Hirak Sarkar[所有],吴Euphy[所有],斯科特·范布伦(施)Dongze他(施),史蒂夫Lianoglou[所有],韦斯·威尔逊(施)
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“鱼塘”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“鱼塘”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“鱼塘”)
HTML | R脚本 | 终端设备和DGE推论复制 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | AlternativeSplicing,BatchEffect,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,可视化 |
版本 | 2.0.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(3年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | |
进口 | 图形、统计、跑龙套、方法abind,gtools,qvalue,S4Vectors,SummarizedExperiment,matrixStats,svMisc,Rcpp,矩阵,SingleCellExperiment,jsonlite |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,巨噬细胞,tximeta,org.Hs.eg.db,samr,DESeq2,apeglm,tximportData,limma |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://github.com/mikelove/fishpond |
取决于我 | |
进口我 | singleCellTK |
建议我 | tximport |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | fishpond_2.0.1.tar.gz |
Windows二进制 | fishpond_2.0.1.zip |
macOS 10.13(高山脉) | fishpond_2.0.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/鱼池 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/ |
包下载报告 | 下载数据 |