fcScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.fcScan

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅fcScan。

fcScan坐标检测集群与用户定义的选项

Bioconductor版本:3.14

这个包是用来检测基因组坐标下降的组合在一个用户定义的窗口大小以及用户定义确定相邻重叠集群。它可以用于基因组数据的集群都是建立在特定的染色体或特定链。集群可以执行与“贪婪”选项允许这样的存在额外的网站内允许窗口大小。

作者:阿卜杜拉El-Kurdi (aut) Ghiwa哈利勒(aut),乔治Khazen[所有],皮埃尔Khoueiry (aut (cre)

维护人员:皮埃尔Khoueiry < pk17在aub.edu.lb >阿卜杜拉El-Kurdi < ak161在aub.edu.lb >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“fcScan”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fcScan”)

HTML	R脚本	fcScan
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GenomeAnnotation,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	统计数据,plyr,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,rtracklayer,GenomicRanges、方法、IRanges,foreach,doParallel、并行
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fcScan_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	fcScan_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	fcScan_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fcScan
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fcScan
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fcScan/
包下载报告	下载数据