epigraHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.epigraHMM

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见epigraHMM

基于隐马尔可夫模型的表观基因组r分析

Bioconductor版本:3.14

epigraHMM提供了一套基于隐马尔可夫模型的表观基因组数据分析工具。它包含两个独立的峰值调用器,一个用于来自生物或技术重复的一致峰值,另一个用于来自多重复多条件实验的差异峰值。在差分峰值调用中,epigraHMM提供了特定于窗口的后视概率,这些后视概率与跨条件的每一种可能的读丰富组合模式相关联。

作者:佩德罗·巴尔多尼[aut, cre]

维护者:Pedro Baldoni

引文(从R内,输入引用(“epigraHMM”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“epigraHMM”)

超文本标记语言 R脚本 使用警句的共识和差分峰值调用
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeqChIPSeqDNaseSeq表观遗传学HiddenMarkovModel软件
版本 1.2.2
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 Rcppmagrittrdata.tableSummarizedExperiment、方法、GenomeInfoDbGenomicRangesrtracklayerIRangesRsamtoolsbamsignalscsawS4Vectorslimma统计数据,Rhdf5librhdf5矩阵质量尺度ggpubrggplot2GreyListChIPpheatmap, grDevices
链接 RcppRcppArmadilloRhdf5lib
建议 testthatknitrrmarkdownBiocStyleBSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4gcapcchromstaRData
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 epigraHMM_1.2.2.tar.gz
Windows二进制 epigraHMM_1.2.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) epigraHMM_1.2.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigraHMM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epigraHMM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/epigraHMM/
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