epigenomix

DOI:10.18129 / B9.bioc.epigenomix

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见epigenomix

表观遗传和基因转录数据的归一化和混合模型的集成

Bioconductor版本:3.14

通过ChIP-seq获得的基于RNA-seq或微阵列的基因转录和组蛋白修饰数据的综合分析包。该软件包提供了数据预处理和匹配的方法,以及贝叶斯混合模型的拟合方法,以检测两种数据类型存在差异的基因。

作者:Hans-Ulrich Klein, Martin Schaefer

维护人员:Hans-Ulrich Klein

引文(从R内,输入引用(“epigenomix”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“epigenomix”)

PDF R脚本 表观基因组合包小插图
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq分类DifferentialExpressionGeneExpression软件
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(9年)
许可证 LGPL-3
取决于 R(>= 3.2.0),方法,BiobaseS4VectorsIRangesGenomicRangesSummarizedExperiment
进口 BiocGenericsMCMCpackRsamtools平行,GenomeInfoDbbeadarray
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 epigenomix_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 epigenomix_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) epigenomix_1.34.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigenomix
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epigenomix
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/epigenomix/
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