ensembldb

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensembldb

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见ensembldb

用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序

Bioconductor版本:3.14

该包提供了创建和使用以记录为中心的注释数据库/包的函数。数据库的注释是使用Ensembl的Perl API直接从其获取的。其功能和数据类似于来自GenomicFeatures包的TxDb包,但是,除了从数据库中检索所有基因/转录模型和注释之外,ensembldb还提供了一个过滤器框架,允许检索特定条目的注释,如编码在染色体区域上的基因或lincRNA基因的转录模型。用ensembldb构建的EnsDb数据库还包含蛋白质注释和蛋白质及其编码转录本之间的映射。最后,ensembldb提供了基因组、转录本和蛋白质坐标之间的映射功能。

作者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>with contributions from Tim Triche, Sebastian Gibb, Laurent Gatto and Christian Weichenberger.

维护者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>

引文(从R内,输入引用(“ensembldb”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ensembldb”)

超文本标记语言 R脚本 生成基于Ensembl的注释包
超文本标记语言 R脚本 基因组、转录本和蛋白质坐标之间的映射
超文本标记语言 R脚本 查询蛋白质特征
超文本标记语言 R脚本 使用ensembldb进行坐标映射的用例
超文本标记语言 R脚本 使用MariaDB/MySQL服务器后端
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AnnotationData报道遗传学测序软件
版本 2.18.4
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证 LGPL
取决于 BiocGenerics(> = 0.15.10),GenomicRanges(> = 1.31.18),GenomicFeatures(> = 1.29.10),AnnotationFilter(> = 1.5.2)
进口 方法,RSQLite(> = 1.1),DBIBiobaseGenomeInfoDbAnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayerS4Vectors(> = 0.23.10),RsamtoolsIRanges(> = 2.13.24),ProtGenericsBiostrings(> = 2.47.9),旋度
链接
建议 BiocStyleknitrEnsDb.Hsapiens.v86(> = 0.99.8),testthatBSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38ggbio(> = 1.24.0),Gviz(> = 1.20.0),magrittrrmarkdownAnnotationHub
SystemRequirements
增强了 RMariaDB闪亮的
URL https://github.com/jorainer/ensembldb
BugReports https://github.com/jorainer/ensembldb/issues
全靠我 AHEnsDbschimeravizEnsDb.Hsapiens.v75EnsDb.Hsapiens.v79EnsDb.Hsapiens.v86EnsDb.Mmusculus.v75EnsDb.Mmusculus.v79EnsDb.Rnorvegicus.v75EnsDb.Rnorvegicus.v79
进口我 APAlyzerbiovizBaseBUSpaRseChIPpeakAnnoconsensusDEdiffUTRdrugTargetInteractionsepivizrDataGenomicDistributionsDataggbioGvizldblockmetagenescanMiRAppscRNAseqTVTBtximeta
建议我 高山CNVRangerdaspereisaREpiTxDbGenomicFeaturesmulticrispr土星wiggleplotr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ensembldb_2.18.4.tar.gz
Windows二进制 ensembldb_2.18.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ensembldb_2.18.4.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ensembldb
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
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