enhancerHomologSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.enhancerHomologSearch

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅enhancerHomologSearch。

识别假定的哺乳动物直接同源的增强剂

Bioconductor版本:3.14

增强地区得到编码数据通过H3K4me1高峰和同族体区域搜索给定的序列。增强器同族体区域的候选人可以过滤的距离目标TSS。人类和小鼠的热门候选人将彼此对齐,然后导出为多个比对得到增强。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),瓦伦蒂娜Cigliola (dtc),肯尼斯·彼得·辛格(曾经)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“enhancerHomologSearch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“enhancerHomologSearch”)

HTML	R脚本	enhancerHomologSearch装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,GeneRegulation,测序,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 4.1.0)方法
进口	BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,BiocParallel,BiocFileCache,GenomeInfoDb,GenomicRanges,httr,IRanges,jsonlite,motifmatchr,矩阵,rtracklayer,Rcpp,S4Vectors统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Hs.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,org.Mm.eg.db,MotifDb,testthat,TFBSTools
SystemRequirements
增强了
URL	https://jianhong.github.io/enhancerHomologSearch
BugReports	https://github.com/jianhong/enhancerHomologSearch/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	enhancerHomologSearch_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	enhancerHomologSearch_1.0.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	enhancerHomologSearch_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enhancerHomologSearch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enhancerHomologSearch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enhancerHomologSearch/
包下载报告	下载数据