边缘
DOI:10.18129 / B9.bioc.edge
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅边缘。
基因差异表达的提取
Bioconductor版本:3.14
边包实现方法进行差异表达分析的全基因组基因表达研究。意义测试使用最佳的发现过程和广义似然比检测(相当于野生和t)实现总体研究设计。特殊功能可以促进共同研究设计的分析,包括时间课程实验。等其他包核材料、上海广电和qvalue集成在边缘提供一个广泛的工具,用于基因表达分析。
作者:约翰·d·层,杰弗里·t .韭菜和安德鲁j .鲈鱼
维修工:约翰·d·层< jstorey princeton.edu >,安德鲁j .低音< ajbass princeton.edu >
从内部引用(R,回车引用(“边缘”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“边缘”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“边缘”)
| R脚本 | 包边 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,回归,软件,TimeCourse |
| 版本 | 2.26.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.1.0),Biobase |
| 进口 | 方法、样条函数股东价值分析,球形结构,稻草人,qvalue(> = 1.99.0),质量 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,knitr,ggplot2,reshape2 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/jdstorey/edge |
| BugReports | https://github.com/jdstorey/edge/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | edge_2.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | edge_2.26.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | edge_2.26.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edge |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/边缘 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/edge/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
