更容易

DOI:10.18129 / B9.bioc.easier

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅更容易。

从RNA-seq数据估计系统免疫反应

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一个工作流使用简单工具,开发评估病人的可能性来应对银行独立委员会疗法提供病人的RNA-seq数据作为输入。RNA-seq积分数据与不同类型的肿瘤微环境的先验知识来提取定量描述符从几个观点,包括免疫成分,和活动内和细胞外的通信。然后,我们使用多任务TCGA机器学习训练数据,以确定如何将这些描述符可以同时预测几个先进的抗癌免疫反应的标志。这样我们得到癌症特异性模型和识别癌症特异性系统生物标记物的免疫反应。这些生物标记已经通过实验验证在文学和容易预测的性能进行验证使用独立数据集形成四种不同的癌症患者与anti-PD1或anti-PDL1疗法。

作者:奥斯卡Lapuente-Santana (aut (cre),费德里科•马里尼(aut),Arsenij Ustjanzew (aut),弗朗西斯卡Finotello (aut),Federica Eduati (aut)

维护人员:奥斯卡Lapuente-Santana < o.lapuente。桑塔纳在tue.nl >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“容易”)

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文档

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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,分类,表观遗传学,ExperimentHubSoftware,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,通路,回归,软件,SystemsBiology,转录
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	后代,easierData,多萝西娅(> = 1.0.0),quantiseqr,ROCRgrDevices,统计数据、图形、ggplot2、网格DESeq2跑龙套,dplyr,matrixStats,rlang,arules,BiocParallel,reshape2,rstatix,ggrepel,硬币
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat,SummarizedExperiment
SystemRequirements
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包档案

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源包	easier_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	easier_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	easier_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easier
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/更容易
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easier/
包下载报告	下载数据