dpeak

DOI:10.18129 / B9.bioc.dpeak

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dpeak。

dPeak(反褶积的山峰ChIP-seq分析)

Bioconductor版本:3.14

dPeak是一个统计框架的高分辨率识别protein-DNA互动网站使用宠物并设置ChIP-Seq和ChIP-exo数据。它提供了计算效率和用户友好界面处理ChIP-seq和ChIP-exo数据,实现探索性分析,适合dPeak模型,导出的列表为下游分析预测结合位点。

作者:东峻涌,卡特·艾伦

维护人员:东峻涌<东峻。钟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dpeak”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“dpeak”)

PDF	R脚本	dPeak
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,遗传学,测序,软件,转录
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 4.0.0)、方法、属性、跑龙套,图形,Rcpp
进口	质量,IRanges,BSgenomegrDevices,平行
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements	GNU, meme, fimo
增强了
URL
BugReports	https://github.com/dongjunchung/dpeak/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dpeak_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	dpeak_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	dpeak_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dpeak
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dpeak
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dpeak/
包下载报告	下载数据