diffloop

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffloop

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅diffloop。

确定微分循环从染色质DNA拓扑数据

Bioconductor版本:3.14

一套工具构造子集,可视化,注释,统计分析结果的一个或多个ChIA-PET实验或其他化验,推断染色质循环。

作者:迦勒Lareau (aut (cre),马丁·阿尔耶前来(aut)

维护人员:迦勒Lareau < caleblareau g.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffloop”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“diffloop”)

HTML	R脚本	diffloop:确定微分循环从染色质DNA拓扑数据。
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,去,预处理,质量控制,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	方法,GenomicRanges,foreach,plyr,dplyr,reshape2,ggplot2,matrixStats,寿司,刨边机,locfit,statmod,biomaRt,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRangesgrDevices图形,统计,跑龙套,Biobase,readr,data.table,rtracklayer,pbapply,limma
链接
建议	DESeq2,diffloopdata,ggrepel,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/aryeelab/diffloop
BugReports	https://github.com/aryeelab/diffloop/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	diffloop_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	diffloop_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	diffloop_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffloop
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffloop
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffloop/
包下载报告	下载数据