命运

DOI:10.18129 / B9.bioc.destiny

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅命运。

创建扩散地图

Bioconductor版本:3.14

创建和情节扩散地图。

作者:菲利普•安格勒(cre, aut),Laleh Haghverdi[所有],麻仁Buttner(施)书,费边(施),卡斯滕•马尔(施)Florian Buttner[所有]

维护人员:菲利普•安格勒<菲尔。安格勒gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“命运”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“命运”)

HTML	R脚本	命运2.0带来了扩散伪时间(DPT)类
HTML	R脚本	命运主要装饰图案:从这里开始!
HTML	R脚本	检测相关基因与命运3
HTML	R脚本	繁殖扩散映射装饰图案与提供的数据()
HTML	R脚本	全球和本地内核的影响
HTML	R脚本	tidyverse ggplot集成和命运
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文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,聚类,软件,可视化
版本	3.8.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	方法、图形grDevices、网格跑龙套,统计数据,矩阵,Rcpp(> = 0.10.3),RcppEigen,RSpectra(0.14 > = 0),irlba,pcaMethods,Biobase,BiocGenerics,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,ggplot2,ggplot.multistats,tidyr,tidyselect,ggthemes,VIM,knn.covertree,代理,RcppHNSW,平滑,尺度,scatterplot3d
链接	Rcpp,RcppEigen,grDevices
建议	knitr,rmarkdown,igraph,testthat,模糊神经网络,tidyverse,gridExtra,cowplot,矛盾,冬青,rgl,scRNAseq,org.Mm.eg.db,食物,repr
SystemRequirements	c++ 11
增强了	rgl,SingleCellExperiment
URL	https://theislab.github.io/destiny/https://github.com/theislab/destiny/https://www.helmholtz-muenchen.de/icb/destiny//www.anjoumacpherson.com/packages/destinyhttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv715
BugReports	https://github.com/theislab/destiny/issues
取决于我
进口我	CytoTree,phemd
建议我	CelliD,CellTrails,单片眼镜,嘘
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	destiny_3.8.1.tar.gz
Windows二进制	destiny_3.8.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	destiny_3.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/destiny
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/命运
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/destiny/
包下载报告	下载数据