derfinderPlot

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinderPlot

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见derfinderPlot

derfinder绘图函数

Bioconductor版本:3.14

这个包为derfinder包的结果提供了绘图函数。这有助于将制作这些图所需的图形依赖关系与derfinder的核心功能分开。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]——安德鲁·e·杰夫[au], Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

引文(从R内,输入引用(“derfinderPlot”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“derfinderPlot”)

超文本标记语言 R脚本 derfinderPlot简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件可视化
版本 1.28.1
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.2)
进口 derfinder(> = 1.1.0版),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicFeaturesGenomicRanges(> = 1.17.40),ggbio(> = 1.13.13),ggplot2,图形,grDevices,IRanges(> = 1.99.28),limma、方法、plyrRColorBrewerreshape2S4Vectors(> = 0.9.38),尺度,跑龙套
链接
建议 biovizBase(> = 1.27.2),bumphunter(> = 1.7.6),derfinderData(> = 0.99.0),sessioninfoknitr(> = 1.6),BiocStyle(> = 2.5.19),org.Hs.eg.dbRefManageRrmarkdown(> = 0.3.3),testthatTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenecovr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/leekgroup/derfinderPlot
BugReports https://support.bioconductor.org/t/derfinderPlot
全靠我
进口我 brainflowprobesrecountWorkflow
建议我 derfinderGenomicStateregionReport
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 derfinderPlot_1.28.1.tar.gz
Windows二进制 derfinderPlot_1.28.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) derfinderPlot_1.28.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinderPlot
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/derfinderPlot
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/derfinderPlot/
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