derfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinder

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见derfinder

通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析

Bioconductor版本:3.14

该包提供了对RNA-seq数据进行注释不可知差异表达分析的功能。DER Finder方法的两个实现包含在这个包中:(1)单个基本级别的f统计数据和(2)表达区域级别的DER标识。DER Finder方法也可用于识别差异边界ChIP-seq峰值。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre], Alyssa C. Frazee [ctb], Andrew E. Jaffe [aut], Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

引文(从R内,输入引用(“derfinder”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("derfinder")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“derfinder”)

超文本标记语言 R脚本 Derfinder快速启动指南
超文本标记语言 R脚本 Derfinder用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq报道DifferentialExpressionDifferentialPeakCallingImmunoOncologyRNASeq测序软件
版本 1.28.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 BiocGenerics(> = 0.25.1),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel(> = 1.15.15),bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0版),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignmentsGenomicFeaturesGenomicFilesGenomicRanges(> = 1.17.40),HmiscIRanges(>= 2.3.23),qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayerS4Vectors(>= 0.23.19), stats, utils
链接
建议 BiocStyle(> = 2.5.19),sessioninfoderfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlotDESeq2ggplot2knitr(> = 1.6),limmaRefManageRrmarkdown(> = 0.3.3),testthat(> =魅惑,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenecovr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
全靠我
进口我 brainflowprobesderfinderPlotGenomicState奥得河重新计票recountWorkflowregionReport
建议我 megadepth
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 derfinder_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 derfinder_1.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) derfinder_1.28.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/derfinder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder/
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