densvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.densvis

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅densvis。

通过非线性降维Density-Preserving数据可视化

Bioconductor版本:3.14

实现了density-preserving修改t-SNE和UMAP被Narayan et al . (2020) 。非线性降维技术t-SNE UMAP使用户能够概括复杂的高维测序数据,如单细胞RNAseq使用低维表示。这些低维表示支持离散转录状态的可视化,以及连续轨迹(例如,在早期发展)。然而,这些方法关注当地社区的数据结构。在某些情况下,这导致误导性的数据可视化,细胞密度低维嵌入并不代表转录异质性的原始高维空间中的数据。den-SNE和densMAP旨在使更精确的目视判读的高维数据集产生低维嵌入,准确反映原高维空间的异质性,使同类和异类细胞状态的识别。这精度通过优化过程中包括一个术语认为当地原始高维空间点的密度。这可以帮助创建可视化,更代表原始高维空间的异质性。

作者:艾伦·奥卡拉汉(aut (cre) Ashwinn Narayan (aut) Hyunghoon曹(aut)

维修工:艾伦·奥卡拉汉<阿兰。在outlook.com ocallaghan >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“densvis”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍densvis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	Rcpp,蛇怪,为了,网状
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,ggplot2,Rtsne,uwot,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Alanocallaghan/densvis/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	densvis_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	densvis_1.4.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	densvis_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/densvis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ densvis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/densvis/
包下载报告	下载数据