deepSNV

DOI:10.18129 / B9.bioc.deepSNV

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见deepSNV

深度测序数据中亚克隆snv的检测。

Bioconductor版本:3.14

该包提供了在超深(>=100x覆盖率)测序实验中检测亚克隆突变的定量变体调用器。deepSNV算法用于与相同位点的对照实验进行比较设置,并使用β -二项式模型和似然比检验来区分测序错误和亚克隆snv。shearwater算法基于beta-二项式模型计算贝叶斯分类器,用于多个样本的变量调用,用于精确估计模型参数(如局部错误率和离散度)和先验知识,例如来自COSMIC等变量数据库。

作者:Niko Beerenwinkel [ths], Raul Alcantara [ctb], David Jones [ctb], Inigo Martincorena [ctb], Moritz ger叮[aut, cre]

维护者:Moritz gersting < Moritz。gersting在ebi.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“deepSNV”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“deepSNV”)

PDF R脚本 在深度测序实验中检测低频变异的R包
超文本标记语言 R脚本 海鸥毫升
PDF R脚本 亚克隆变异呼叫多个样本和先验知识使用shearwater
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportGeneticVariability遗传学单核苷酸多态性测序软件
版本 1.40.0
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(10年)
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 2.13.0),方法,图形,并行,IRangesGenomicRangesSummarizedExperimentBiostringsVGAMVariantAnnotation(> = 1.13.44)
进口 Rhtslib
链接 Rhtslib(> = 1.13.1)
建议 RColorBrewerknitrrmarkdown
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我 mitoClone2
建议我 GenomicFiles
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 deepSNV_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 deepSNV_1.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) deepSNV_1.40.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepSNV
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/deepSNV
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
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