decontam

DOI:10.18129 / B9.bioc.decontam

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅decontam。

识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据

Bioconductor版本:3.14

简单的统计识别污染标志基因序列特征或宏基因组数据。适用于任何类型的特性来源于环境测序数据(例如asv、辣子鸡、分类群的杂志,…)。需要DNA定量数据或测序负控制样本。

作者:本杰明·卡拉汉(aut (cre),妮可•玛丽•戴维斯(aut) Felix通用恩斯特(施)

维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decontam”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“decontam”)

HTML	R脚本	介绍dada2
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4.1)、方法(> = 3.4.1)
进口	ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,phyloseq
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/benjjneb/decontam
BugReports	https://github.com/benjjneb/decontam/issues
取决于我
进口我	米娅
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	decontam_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	decontam_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	decontam_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decontam
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decontam
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decontam/
包下载报告	下载数据