dearseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dearseq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见dearseq

通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差分表达式分析

Bioconductor版本:3.14

差异表达分析RNA-seq数据方差分量评分检验,通过精确权重计算数据异方差。执行基因和基因集分析,并可以处理重复或纵向数据。具体方法见:i) Agniel D & Hejblum BP(2017)纵向RNA-seq数据时间过程基因集分析的方差分量评分检验,生物统计学,18(4):589-604;和ii) Gauthier M, Agniel D, Thiébaut R & Hejblum BP (2020) dearseq:有效控制错误发现率的RNA-Seq差分分析的方差分量评分测试,NAR基因组学与生物信息学,2(4):lqaa093。

作者:Denis Agniel [aut], Boris P. Hejblum [aut, cre], Marine Gauthier [aut]

维护者:Boris P. Hejblum < Boris。Hejblum在u-bordeaux.fr>

引文(从R内,输入引用(“dearseq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“dearseq”)

超文本标记语言 R脚本 dearseqUserguide
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews BiomedicalInformaticsCellBiologyDNASeqDifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncologyKEGGRNASeq回归测序软件SystemsBiologyTimeCourse转录转录组
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-2 |文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 ggplot2KernSmoothmatrixStats、方法、拼接而成平行,pbapply统计数据,statmod调查viridisLite
链接
建议 BiobaseBiocManagerBiocSet刨边机DESeq2GEOqueryGSAknitrlimmareadxlrmarkdownS4VectorsSummarizedExperimenttestthatcovr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/borishejblum/dearseq/issues
全靠我
进口我
建议我 TcGSA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 dearseq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 dearseq_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) dearseq_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dearseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dearseq/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网