countsimQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.countsimQC

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见countsimQC

比较计数数据集的特征特征

Bioconductor版本:3.14

countsimQC提供了创建一个综合报告的功能,该报告比较了一组计数矩阵的广泛特征。一个重要的用例是将一个或多个合成计数矩阵与真实计数矩阵(可能是模拟的基础矩阵)进行比较。然而,任何计数矩阵集合都可以进行比较。

作者:Charlotte Soneson [aut, cre]

维护者:Charlotte Soneson

引文(从R内,输入引用(“countsimQC”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“countsimQC”)

超文本标记语言 R脚本 countsimQC用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ExperimentalDesignImmunoOncology微生物组质量控制RNASeqReportWritingSingleCell软件可视化
版本 1.12.1
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.5)
进口 rmarkdown(> = 2.5),刨边机DESeq2(> = 1.16.0),dplyrtidyrggplot2设备,工具,SummarizedExperimentgenefilterDTGenomeInfoDbDatacaToolsrandtests,统计,utils,方法
链接
建议 knitrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/csoneson/countsimQC
BugReports https://github.com/csoneson/countsimQC/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 countsimQC_1.12.1.tar.gz
Windows二进制 countsimQC_1.12.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) countsimQC_1.12.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/countsimQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/countsimQC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/countsimQC/
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