consensusSeekeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusSeekeR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见consensusSeekeR

使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域

Bioconductor版本:3.14

该软件包从多个实验中比较基因组位置和基因组范围,以提取共同区域。所分析区域的大小是可调的,并且经验的数量是可调的,其中一个特征必须出现在一个潜在的区域中,才能将该区域标记为共识区域。

作者:Astrid Deschenes [cre, aut], Fabien Claude Lamaze [ctb], Pascal Belleau [aut], Arnaud Droit [aut]

维护者:Astrid Deschenes

引文(从R内,输入引用(“consensusSeekeR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusSeekeR”)

超文本标记语言 R脚本 一组实验中一致性区域的检测
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiologicalQuestionChIPSeq报道遗传学MultipleComparisonPeakDetection测序软件转录
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),BiocGenericsIRangesGenomicRangesBiocParallel
进口 GenomeInfoDbrtracklayerstringrS4Vectors、方法
链接
建议 BiocStyleggplot2knitrrmarkdownRUnit
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ArnaudDroitLab/consensusSeekeR
BugReports https://github.com/ArnaudDroitLab/consensusSeekeR/issues
全靠我
进口我 RJMCMCNucleosomes
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 consensusSeekeR_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 consensusSeekeR_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) consensusSeekeR_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusSeekeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusSeekeR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusSeekeR/
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