consensusOV

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusOV

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅consensusOV。

高档浆液性卵巢癌的基因亚型分类

Bioconductor版本:3.14

这个包实现四个主要亚型分类器为高档浆液性卵巢癌(硫化汞)所描述的Helland et al。(PLoS One, 2011), Bentink et al。(PLoS One, 2012), Verhaak et al。(中国投资,2013),和Konecny et al。(中华肿瘤杂志,2014)。此外,包分类器实现了一个共识,巩固和提高在该亚型分类器的鲁棒性,从而提供可靠的硫化汞卵巢肿瘤患者分层明确定义的子类型。

作者:陈Gregory M, Lavanya Kannan,路德维希Geistlinger, Victor Kofia李维Waldron本杰明Haibe-Kains

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“consensusOV”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“consensusOV”)

HTML	R脚本	卵巢癌的分子亚型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,软件,转录组
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	Biobase,GSVA,gdata,genefu,limma,matrixStats,randomForest统计,跑龙套的方法
链接
建议	BiocStyle,ggplot2,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/consensusOV
BugReports	https://github.com/bhklab/consensusOV/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	consensusOV_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	consensusOV_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	consensusOV_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusOV
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ consensusOV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consensusOV/
包下载报告	下载数据