此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见compcodeR.
Bioconductor版本:3.14
该包提供了广泛的功能,用于比较RNAseq数据的差异表达式分析的不同方法获得的结果。它还包含模拟计数数据的函数。最后,它为执行差分表达式分析的几个包提供了方便的接口。这些也可以用作在包的框架内设置和运行用户定义的差异分析工作流的模板。
作者:Charlotte Soneson [aut, cre]
维护者:Charlotte Soneson
引文(从R内,输入引用(“compcodeR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“compcodeR”)
超文本标记语言 | R脚本 | compcodeR |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件 |
版本 | 1.30.0 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(8年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | sm |
进口 | tcltk,knitr(> = 1.2),减价,ROCR,晶格(> = 0.16),gplots,gtools,caTools、网格KernSmooth,质量,ggplot2,stringr,模式,刨边机,limma,vioplot,方法,utils,统计,grDevices,图形 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,EBSeq,DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter,NOISeq,移行细胞癌,NBPSeq(> = 0.3.0),rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | rpanel,DSS |
URL | https://github.com/csoneson/compcodeR |
BugReports | https://github.com/csoneson/compcodeR/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | compcodeR_1.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | compcodeR_1.30.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | compcodeR_1.30.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compcodeR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/ |
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