cogena

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogena

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cogena。

中的基因片段的富集分析

Bioconductor版本:3.14

cogena的工作流中的基因片段的富集分析。它旨在发现规模较小,但是高度相关的细胞事件,也可能有重大的生物相关性。一种新型管道重新定位药物药物发现和提出了基于cogena工作流。特别是,候选药物可以预测基于疾病相关的基因表达数据,或其他类似的药物可以识别基于与毒品有关的基因表达数据。此外,药物作用方式可以披露相关的路径分析。总之,cogena是一个灵活的工作流为各种基因集富集分析中的基因,关注通路/去分析和药物重新定位。

作者:Zhilong贾(aut (cre),迈克尔·巴恩斯(aut)

维护人员:Zhilong贾< zhilongjia gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cogena”)

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文档

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browseVignettes (“cogena”)

PDF	R脚本	一个工作流的cogena
HTML	R脚本	cogena,工作流中的基因的基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DataRepresentation,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,微阵列,通路,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.6),集群,ggplot2,kohonen
进口	方法,类,gplots,mclust,北极监测和评估方案,apcluster,foreach平行,doParallel,fastcluster,corrplot,biwt,Biobase,reshape2,stringr,宠物猫,tidyr,dplyr,devtools
链接
建议	knitr,rmarkdown(> = 2.1)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhilongjia/cogena
BugReports	https://github.com/zhilongjia/cogena/issues
取决于我
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包档案

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源包	cogena_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	cogena_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cogena_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cogena
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/
包下载报告	下载数据