彗星
DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅彗星。
彗星:可视化区域epigenome-wide协会扫描(ewa)结果和DNA co-methylation模式
Bioconductor版本:3.14
ewa结果的可视化的基因组区域。除了phenotype-association假定值,彗星还生成块co-methylation模式,并提供一系列的注释。它可以用于其他omic-wide协会扫描只要数据可以为任何物种基因组水平和翻译。
作者:Tiphaine c·马丁(aut (cre),托马斯·哈德曼(aut) Idil (aut), Pei-Chien蔡(aut) Jordana t·贝尔(aut)
维护人员:Tiphaine马丁< Tiphaine。马丁在mssm.edu >
从内部引用(R,回车引用(“彗星”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“彗星”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“彗星”)
| R脚本 | 彗星的用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,DNAMethylation,DNASeq,DifferentialMethylation,ExomeSeq,FunctionalGenomics,遗传学,GenomeWideAssociation,MethylSeq,MethylationArray,微阵列,MotifAnnotation,RNASeq,RiboSeq,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.26.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R(> = 3.7.0)、网格跑龙套,biomaRt,Gviz,心理 |
| 进口 | 工具,哈希grDevices,gridExtra,rtracklayer,IRanges,S4Vectors,GenomicRanges统计数据,corrplot |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,RUnit,BiocGenerics |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://epigen.kcl.ac.uk/comet |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | coMET_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | coMET_1.26.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | coMET_1.26.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/彗星 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/coMET/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
