这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clustifyr。
Bioconductor版本:3.14
计划旨在帮助分类细胞RNA从单细胞测序数据使用外部参考数据(例如,散货RNA-seq scRNA-seq,微阵列,基因列表)。各种相关的基础方法和基因富集方法列表提供协助细胞类型的任务。
作者:瑞富(aut (cre),肯特Riemondy (aut), Gillen[所有],奥斯汀Chengzhe田(施),杰Hesselberth[所有],悦豪(施),米歇尔亚都[所有],Sidhant Puntambekar[所有],RNA生物科学计划(曾经)
维修工:瑞福< raysinensis gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“clustifyr”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clustifyr”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“clustifyr”)
HTML | R脚本 | geo-annotations |
HTML | R脚本 | 介绍clustifyr |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 注释,GeneExpression,微阵列,测序,SingleCell,软件 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | cowplot,dplyr,熵,fgsea,ggplot2,矩阵,readr,rlang,尺度,stringr,宠物猫,tidyr、统计数据、方法SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,matrixStats,S4Vectors,代理,httr,跑龙套 |
链接 | |
建议 | ComplexHeatmap,covr,knitr,rmarkdown,testthat,ggrepel,BiocStyle,BiocManager,遥控器,闪亮的,gprofiler2,purrr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://github.com/rnabioco/clustifyr自述https://rnabioco.github.io/clustifyr/ |
BugReports | https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | clustifyrdatahub |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | clustifyr_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | clustifyr_1.6.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | clustifyr_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustifyr |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clustifyr |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/clustifyr/ |
包下载报告 | 下载数据 |