clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clusterProfiler。

一个普遍的浓缩解释组学数据的工具

Bioconductor版本:3.14

这个包支持功能特征编码和非编码基因数据与最新的成千上万的物种基因注释。它提供了一个univeral接口进行基因功能注释从各种各样的来源,因此可以应用于不同的场景。它提供了一个整洁的界面来访问、操作和可视化浓缩结果来帮助用户实现高效的数据解释。数据从多个治疗和时间点可以获得分析和比较在一个单一的运行,很容易暴露功能共识和差异不同的条件。

作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]王,李亘[所有],Erqiang胡锦涛(施),陈Meijun[所有],乔凡尼达尔奥廖(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clusterProfiler”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clusterProfiler”)

HTML	R脚本	统计分析和可视化的基因和基因的功能配置集群
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本	4.2.2
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,下载器,剂量(> = 3.13.1),dplyr,enrichplot(> = 1.9.3),GO.db,GOSemSim,magrittr、方法、plyr,qvalue,rlang统计数据,tidyr跑龙套,yulab.utils
链接
建议	AnnotationHub,knitr,rmarkdown,org.Hs.eg.db,prettydoc,ReactomePA,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/(文档)https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100141(纸)
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
取决于我	maEndToEnd
进口我	bioCancer,CEMiTool,CeTF,conclus,DAPAR,debrowser,eegc,enrichTF,esATAC,ExpHunterSuite,famat,fcoex,GDCRNATools,IRISFGM,MAGeCKFlute,methylGSA,MicrobiomeProfiler,miRspongeR,MoonlightR,multiSight,netboxr,亲,Pigengene,recountWorkflow,RNASeqR,signatureSearch,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow,TimiRGeN
建议我	ChIPseeker,可乐,剂量,enrichplot,epihet,GeneTonic,GenomicSuperSignature,GOSemSim,GSEAmining,MesKit,org.Mxanthus.db,paxtoolsr,ReactomePA,rrvgo,scGPS,simplifyEnrichment,TCGAbiolinks,tidybulk
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clusterProfiler_4.2.2.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_4.2.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	clusterProfiler_4.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterProfiler/
包下载报告	下载数据