clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见clusterExperiment

比较单细胞测序的聚类

Bioconductor版本:3.14

提供运行和比较单细胞测序数据或其他大型mRNA Expression数据集的许多不同聚类的功能。

作者:Elizabeth Purdom [aut, cre, cph], Davide Risso [aut]

维护者:Elizabeth Purdom

引文(从R内,输入引用(“clusterExperiment”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“clusterExperiment”)

超文本标记语言 R脚本 clusterExperiment装饰图案
超文本标记语言 R脚本 使用大型数据集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类RNASeq测序SingleCell软件
版本 2.14.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.6.0),SingleCellExperimentSummarizedExperiment(> = 1.15.4),BiocGenerics
进口 方法,NMFRColorBrewer(> = 5.0),集群统计数据,limma多少locfdrmatrixStats,图形,并行,BiocSingularkernlabstringrS4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵Rcpp刨边机尺度zinbwavephylobasepracmambkmeans
链接 Rcpp
建议 BiocStyleknitrtestthat桅杆Rtsne食物igraphrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
全靠我 netSmooth
进口我
建议我 netDx弹弓tradeSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 clusterExperiment_2.14.0.tar.gz
Windows二进制 clusterExperiment_2.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
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