cleanUpdTSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.cleanUpdTSeq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见cleanUpdTSeq．

cleanUpdTSeq清除来自寡聚(dT)介导的3'端RNA测序数据的多聚腺苷酸位点的伪产物

Bioconductor版本:3.14

该包实现了朴素贝叶斯分类器，通过过滤虚假的多聚腺苷酸化位点，准确区分真实的多聚腺苷酸化位点(pA位点)和寡聚(dT)介导的3'端测序，如PAS-Seq, PolyA-Seq和RNA-Seq，主要是由于反转录过程中寡聚(dT)介导的内部启动。分类器是高度准确的，优于其他启发式方法。

作者:Sarah Sheppard，刘海波，欧建宏，Nathan Lawson, Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。Ou在duke.edu>;朱丽华<朱丽。在umassmed.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cleanUpdTSeq”)

超文本标记语言	R脚本	cleanUpdTSeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	3'端测序，测序，软件，内部启动，聚腺苷酸化网站
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7、方法
进口	BSgenome，GenomicRanges，seqinr，e1071，Biostrings，GenomeInfoDb，IRanges跑龙套,stringr,统计数据
链接
建议	BiocStyle，rmarkdown，knitr，RUnit，BiocGenerics(> = 0.1.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	InPAS
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cleanUpdTSeq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	cleanUpdTSeq_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cleanUpdTSeq_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cleanUpdTSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cleanUpdTSeq/
软件包下载报告	下载数据