cleanUpdTSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.cleanUpdTSeq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见cleanUpdTSeq

cleanUpdTSeq清除来自寡聚(dT)介导的3'端RNA测序数据的多聚腺苷酸位点的伪产物

Bioconductor版本:3.14

该包实现了朴素贝叶斯分类器,通过过滤虚假的多聚腺苷酸化位点,准确区分真实的多聚腺苷酸化位点(pA位点)和寡聚(dT)介导的3'端测序,如PAS-Seq, PolyA-Seq和RNA-Seq,主要是由于反转录过程中寡聚(dT)介导的内部启动。分类器是高度准确的,优于其他启发式方法。

作者:Sarah Sheppard,刘海波,欧建宏,Nathan Lawson, Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。Ou在duke.edu>;朱丽华<朱丽。在umassmed.edu>

引文(从R内,输入引用(“cleanUpdTSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“cleanUpdTSeq”)

超文本标记语言 R脚本 cleanUpdTSeq装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 3'端测序测序软件内部启动聚腺苷酸化网站
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.5.0),BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7、方法
进口 BSgenomeGenomicRangesseqinre1071BiostringsGenomeInfoDbIRanges跑龙套,stringr,统计数据
链接
建议 BiocStylermarkdownknitrRUnitBiocGenerics(> = 0.1.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 InPAS
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 cleanUpdTSeq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 cleanUpdTSeq_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) cleanUpdTSeq_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cleanUpdTSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cleanUpdTSeq/
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