chromVAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromVAR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见chromVAR．

染色质跨区域变化

Bioconductor版本:3.14

确定染色质可达性在注释或峰值集之间的变化。主要设计用于单细胞或稀疏染色质可达性数据，例如来自scATAC-seq或稀疏bulk ATAC或DNAse-seq实验。

作者:Alicia Schep [aut, cre]， Jason Buenrostro [ctb]， Caleb Lareau [ctb]， William Greenleaf [ths]，斯坦福大学[cph]

维护者:Alicia Schep

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chromVAR”)

超文本标记语言	R脚本	简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)
进口	IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，ggplot2，nabor，BiocParallel，BiocGenerics，Biostrings，TFBSTools，Rsamtools，S4Vectors、方法、Rcpp、网格情节，闪亮的，miniUI，统计，utils，图形，DT，Rtsne，矩阵，SummarizedExperiment，RColorBrewer，BSgenome
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	JASPAR2016，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，readr，testthat，knitr，rmarkdown，pheatmap，motifmatchr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	Signac
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	chromVAR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	chromVAR_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	chromVAR_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chromVAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromVAR/
软件包下载报告	下载数据