chipseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chipseq。

为分析chipseq chipseq:一个包的数据

Bioconductor版本:3.14

工具帮助chipseq实验过程短的读取数据

作者:Deepayan Sarkar,罗伯特先生,迈克尔•劳伦斯Zizhen姚明

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chipseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chipseq”)

PDF	R脚本	一个示例ChIP-Seq分析工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.44.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),ShortRead
进口	方法、统计数据晶格,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,ShortRead
链接
建议	BSgenome,GenomicFeatures,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	ChIPQC,文案,HTSeqGenie,soGGi,transcriptR
建议我	GenoGAM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chipseq_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	chipseq_1.44.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	chipseq_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/
包下载报告	下载数据