cfDNAPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.cfDNAPro

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cfDNAPro。

cfDNAPro有助于描述和想象全基因组测序数据从液体活检

Bioconductor版本:3.14

cfDNA片段大小度量是重要的功能在肿瘤早期检测,利用液体活检诊断、治疗personlization和监控。分析和可视化插入大小指标可能费时。这个包打算简化这个探索过程,它提供了两套数据描述和数据可视化的功能。

作者:王Haichao (aut (cre) Nitzan罗森菲尔德(施),回族赵[所有],克里斯托弗·史密斯(施)

维护人员:王Haichao < hw538在cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cfDNAPro”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	cfDNAPro教程
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文本		新闻

细节

biocViews	测序,软件,可视化,WholeGenome
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),magrittr(> = 1.5.0)
进口	属性,跑龙套,dplyr(> = 0.8.3),stringr(> = 1.4.0),quantmod(> = 0.4),ggplot2(> = 3.2.1),Rsamtools(> =测试盒框),rlang(> = 0.4.0)
链接
建议	尺度,ggpubr,knitr(> = 1.23),rmarkdown(> = 1.14),devtools(> = tripwire),BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hw538/cfDNAPro
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cfDNAPro_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	cfDNAPro_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cfDNAPro_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cfDNAPro
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cfDNAPro
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cfDNAPro/
包下载报告	下载数据