癌症

DOI:10.18129 / B9.bioc.canceR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅癌症

一个图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据

Bioconductor版本:3.14

包的用户友好界面基于cgdsr和其他建模方案探讨,比较和分析所有可用的癌症数据(临床数据、基因突变、基因甲基化基因表达,蛋白质磷酸化,拷贝数改变)主办的计算生物学中心朗科特林纪念医院癌症中心(MSKCC)。

作者:卡里姆Mezhoud。核安全与安全部门。核科学中心的突尼斯。

维护人员:卡里姆Mezhoud < kmezhoud gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“癌症”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“癌症”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“癌症”)

HTML R脚本 癌症:图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类,,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,软件
版本 1.28.04
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 4.1), tcltk cgdsr
进口 GSEABase,tkrplot,geNetClassifier,RUnit,公式,rpart,生存,Biobase,phenoTest,circlize,plyr、图表、数据、grDevices跑龙套
链接
建议 testthat(> = 3.1),knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements Tktable, BWidget
增强了
URL
BugReports https://github.com/kmezhoud/canceR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 canceR_1.28.04.tar.gz
Windows二进制 canceR_1.28.04.zip
macOS 10.13(高山脉) canceR_1.28.04.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/canceR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/癌症
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/canceR/
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