cageminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.cageminer

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见cageminer．

候选基因矿工

Bioconductor版本:3.14

该软件包旨在整合gwas衍生的snp和共表达网络，以挖掘与特定表型相关的候选基因。为此，用户必须定义一组指导基因，即所研究的表型中涉及的已知基因。此外，可以为挖掘的候选分子打分，以支持枢纽和/或转录因子的候选分子。然后，这些分数可以用来对下游实验中最有希望的n个基因进行排名和选择。

作者:Fabrício阿尔梅达-席尔瓦[aut, cre]，蒂亚戈·维纳西奥[au]

维护者:Fabrício Almeida-Silva < fabricicio_almeidasilva at hotmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cageminer”)

超文本标记语言	R脚本	利用cageminer挖掘高置信候选基因
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneExpression，GenomeWideAssociation，网络，NetworkEnrichment，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	ggplot2，ggbio，ggtext，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，reshape2、方法、BioNERO
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),SummarizedExperiment，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/cageminer
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/cageminer
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cageminer_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	cageminer_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cageminer_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cageminer
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cageminer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cageminer/
软件包下载报告	下载数据