biscuiteer

DOI:10.18129 / B9.bioc.biscuiteer

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅biscuiteer

便利功能饼干

Bioconductor版本:3.14

bsseq加载的测试装具模块输出饼干,总结WGBS数据在可映射定义的区域和样本,有或没有非难,下降的mostly-NA行,年龄估计等。

作者:蒂姆•Triche Jr .) (aut (cre),扫读周(aut),本·约翰逊(aut),雅各布·莫里森(aut) Lyong Heo (aut)

维护人员:“雅各莫里森”<雅各。莫里森在vai.org >

从内部引用(R,回车引用(“biscuiteer”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biscuiteer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biscuiteer”)

HTML R脚本 Biscuiteer用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation,DataImport,MethylSeq,软件
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6),biscuiteerData,bsseq
进口 readr,qualV,矩阵,嫁祸于,HDF5Array,S4Vectors,Rsamtools,data.table,Biobase,GenomicRanges,BiocGenerics,VariantAnnotation,DelayedMatrixStats,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,Mus.musculus,Homo.sapiens,matrixStats,rtracklayer,QDNAseq,dmrseq、方法、跑龙套R.utils,gtools,BiocParallel
链接
建议 DSS,covr,knitr,rmarkdown,减价,rlang,scmeth,pkgdown,roxygen2,testthat,QDNAseq.hg19,QDNAseq.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/trichelab/biscuiteer
BugReports https://github.com/trichelab/biscuiteer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 biscuiteer_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 biscuiteer_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉) biscuiteer_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biscuiteer
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biscuiteer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/biscuiteer/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网