biomformat

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomformat

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见biomformat

BIOM文件格式的接口包

Bioconductor版本:3.14

这是一个用于与BIOM格式进行接口的R包。这个包包括用于读取生物格式文件、从生物对象(比单个表更复杂)访问和设置数据表的基本工具,以及将生物对象写回生物格式文件的有限支持。这个API的设计旨在与python API和生物格式项目中包含的其他工具相匹配,但带有R用户应该熟悉的“R风格”。这包括S4类和方法,以及公共核心函数/方法的扩展。

作者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>和Joseph N Paulson

维护者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>

引文(从R内,输入引用(“biomformat”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“biomformat”)

超文本标记语言 R脚本 生物格式包Vignette
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportImmunoOncology宏基因组微生物组软件
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证 GPL-2
取决于 R(>= 3.2),方法
进口 plyr(> = 1.8),jsonlite(> = 0.9.16),矩阵(> = 1.2),rhdf5
链接
建议 testthat(> = 0.10),knitr(> = 1.10),BiocStyle(> = 1.6),rmarkdown(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/joey711/biomformat/http://biom-format.org/
BugReports https://github.com/joey711/biomformat/issues
全靠我
进口我 微生物microbiomeExplorermicrobiomeMarkerphyloseq
建议我 metagenomeSeq米娅MicrobiotaProcess
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 biomformat_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 biomformat_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) biomformat_1.22.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biomformat
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/biomformat/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网