benchdamic

DOI:10.18129 / B9.bioc.benchdamic

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见benchdamic．

微生物组数据差异丰度方法的基准

Bioconductor版本:3.14

从微生物组数据集(具有绝对计数值的16S或WMS)开始，可以执行多种分析来评估许多差分丰度检测方法的性能。提供了主要差异丰度分析方法的基本和标准化版本，但用户也可以将自己的方法添加到基准测试中。分析主要集中在4个方面:i)每种方法的分布假设对观测计数数据的拟合优度，ii)控制错误发现率的能力，iii)方法内部和之间的一致性，iv)如果给定任何先验知识，结果的真实性。有几个图形化函数可用于结果可视化。

作者:Matteo Calgaro [aut, cre]

维护者:Matteo Calgaro

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("benchdamic")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“benchdamic”)

超文本标记语言	R脚本	介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，归一化，预处理，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	Stats, stats4, utils，方法，phyloseq，BiocParallel，zinbwave，刨边机，DESeq2，limma，ALDEx2，玉米棒子，SummarizedExperiment，桅杆，修拉，metagenomeSeq，MGLM，ggplot2，RColorBrewer，plyr，ffpe，reshape2，ggdendro、图形、cowplot
链接
建议	knitr，rmarkdown，HMP16SData，curatedMetagenomicData，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	benchdamic_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	benchdamic_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	benchdamic_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/benchdamic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/benchdamic/
软件包下载报告	下载数据