benchdamic

DOI:10.18129 / B9.bioc.benchdamic

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见benchdamic

微生物组数据差异丰度方法的基准

Bioconductor版本:3.14

从微生物组数据集(具有绝对计数值的16S或WMS)开始,可以执行多种分析来评估许多差分丰度检测方法的性能。提供了主要差异丰度分析方法的基本和标准化版本,但用户也可以将自己的方法添加到基准测试中。分析主要集中在4个方面:i)每种方法的分布假设对观测计数数据的拟合优度,ii)控制错误发现率的能力,iii)方法内部和之间的一致性,iv)如果给定任何先验知识,结果的真实性。有几个图形化函数可用于结果可视化。

作者:Matteo Calgaro [aut, cre]

维护者:Matteo Calgaro

引文(从R内,输入引用(“benchdamic”)):

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("benchdamic")

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文档

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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression宏基因组微生物组MultipleComparison归一化预处理软件
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 Stats, stats4, utils,方法,phyloseqBiocParallelzinbwave刨边机DESeq2limmaALDEx2玉米棒子SummarizedExperiment桅杆修拉metagenomeSeqMGLMggplot2RColorBrewerplyrffpereshape2ggdendro、图形、cowplot
链接
建议 knitrrmarkdownHMP16SDatacuratedMetagenomicDataBiocStyletestthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
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包档案

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源包 benchdamic_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 benchdamic_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) benchdamic_1.0.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/benchdamic
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/benchdamic/
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