此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见bambu.
Bioconductor版本:3.14
bambu是一个R包,用于多样本转录本发现和使用长读RNA-Seq数据定量。您可以使用bambu读后比对来获得已知和新转录本和基因的表达估计。bambu的输出可以直接用于可视化和下游分析,如差异基因表达或转录本的使用。
作者:陈颖[cre, aut], Andre Sim [aut], Yuk Kei Wan [aut], Jonathan Goeke [aut]
维护人员:Chen Ying
引文(从R内,输入引用(“bambu”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“bambu”)
超文本标记语言 | R脚本 | bambu |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 对齐,报道,DifferentialExpression,FeatureExtraction,GeneExpression,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,软件,转录,转录组 |
版本 | 2.0.6 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | R (>= 4.1),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),S4Vectors(> = 0.22.1),BSgenome,IRanges |
进口 | BiocGenerics,BiocParallel,data.table,dplyr,tidyr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges统计数据,Rsamtools、方法、Rcpp,xgboost |
链接 | Rcpp,RcppArmadillo |
建议 | AnnotationDbi,Biostrings,rmarkdown,BiocFileCache,ggplot2,ComplexHeatmap,circlize,ggbio,gridExtra,knitr,testthat,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,ExperimentHub(> = 1.15.3),DESeq2,NanoporeRNASeq,apeglm跑龙套,DEXSeq |
SystemRequirements | |
增强了 | 平行 |
URL | https://github.com/GoekeLab/bambu |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | NanoporeRNASeq |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | bambu_2.0.6.tar.gz |
Windows二进制 | bambu_2.0.6.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | bambu_2.0.6.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bambu |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bambu/ |
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