alevinQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.alevinQC

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅alevinQC。

小鲑鱼输出生成质检报告

Bioconductor版本:3.14

生成QC报告总结一个小鲑鱼运行的输出。报告可以生成html或pdf文件,或闪闪发光的应用程序。

作者:夏洛特Soneson (aut (cre)Avi,斯利瓦斯塔瓦(aut)

维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“alevinQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“alevinQC”)

HTML	R脚本	alevinQC
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	质量控制,SingleCell,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	rmarkdown(> = 2.5)、工具、方法ggplot2,GGally,dplyr,rjson,闪亮的,shinydashboard,DT,统计,跑龙套,tximport(> = 1.17.4),cowplot,rlang
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/csoneson/alevinQC
BugReports	https://github.com/csoneson/alevinQC/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	alevinQC_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	alevinQC_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	alevinQC_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/alevinQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ alevinQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/alevinQC/
包下载报告	下载数据