这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅aggregateBioVar。
Bioconductor版本:3.14
为单细胞RNA-seq收集的数据来自多个主题(如生物样品或技术复制),这个包包含工具总结单细胞基因表达谱的主题。SingleCellExperiment对象作为输入并转换为SummarizedExperiment对象的列表,每个列表元素对应于一个指定的细胞类型。SummarizedExperiment对象包含聚合gene-by-subject数矩阵和inter-subject列个别对象的元数据,可以使用下游加工批量RNA-seq工具。
作者:杰森·拉特克利夫称(aut (cre)安德鲁·瑟曼(aut),迈克尔·[所有]奇门蒂Alejandro Pezzulo(施)
维护人员:杰森·拉特克利夫称< jason-ratcliff uiowa.edu >
从内部引用(R,回车引用(“aggregateBioVar”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“aggregateBioVar”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“aggregateBioVar”)
HTML | R脚本 | 多种学科scRNA-seq分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录,转录组 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | 统计数据、方法S4Vectors,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,矩阵,宠物猫,rlang |
链接 | |
建议 | BiocStyle,魔法,knitr,rmarkdown,testthat,BiocGenerics,DESeq2,magrittr,dplyr,ggplot2,cowplot,ggtext,RColorBrewer,pheatmap,冬青 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar |
BugReports | https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | aggregateBioVar_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | aggregateBioVar_1.4.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | aggregateBioVar_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aggregateBioVar |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ aggregateBioVar |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/aggregateBioVar/ |
包下载报告 | 下载数据 |