YAPSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.YAPSA

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见YAPSA

又一个用于签名分析的软件包

Bioconductor版本:3.14

该包提供了突变特征监督分析的函数和例程(即,特征必须是已知的,参见L. Alexandrov等人,Nature 2013和L. Alexandrov等人,Bioaxiv 2018)。特别地,函数族LCD (LCD =线性组合分解)可以使用最优的签名特定截止,它照顾到不同签名的不同可检测性。此外,该包提供了不同的突变签名集,包括COSMIC和PCAWG SNV签名以及PCAWG Indel签名;利用YAPSA,将突变特征的监督分析概念推广到Indel特征。YAPSA还提供了由剖面似然计算的置信区间,并可以对分层突变目录(SMC = stratify mutational catalog)进行特征分析,以分析不同地层中特征的富集和耗尽模式。

作者:Daniel Huebschmann [aut, cre], Lea Jopp-Saile [aut], Carolin Andresen [aut], Zuguang Gu [aut], Matthias Schlesner [aut]

维护者:Daniel Huebschmann < Huebschmann。Daniel在googlemail.com>上报道

引文(从R内,输入引用(“YAPSA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“YAPSA”)

超文本标记语言 R脚本 1.YAPSA的使用
超文本标记语言 R脚本 2.Signature-specific达标
超文本标记语言 R脚本 3.置信区间
超文本标记语言 R脚本 4.突变特征的分层分析
超文本标记语言 R脚本 5.Indel特征分析
超文本标记语言 R脚本 6.WES数据使用YAPSA
超文本标记语言 index . html
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiologicalQuestion聚类DNASeqGenomicVariation测序软件SomaticMutationStatisticalMethod可视化
版本 1.20.1
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6.0),GenomicRangesggplot2、网格
进口 limSolveSomaticSignaturesVariantAnnotationGenomeInfoDbreshape2gridExtracorrplotdendextendGetoptLongcirclizegtrellisdoParallelPMCMRplusggbeeswarmComplexHeatmapKEGGRESTgrDevices,BiostringsBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19magrittrpracmadplyr,跑龙套
链接
建议 testthatBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 YAPSA_1.20.1.tar.gz
Windows二进制 YAPSA_1.20.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) YAPSA_1.20.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/YAPSA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/YAPSA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/YAPSA/
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