VplotR

DOI:10.18129 / B9.bioc.VplotR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见VplotR．

制作v型图和计算足迹轮廓的工具集

Bioconductor版本:3.14

DNA核酸酶(如DNAse I、微球菌核酸酶和Tn5转座酶)的消化和保护模式可用于推断相关蛋白质的位置。这个包包含有用的功能来分析配对端测序片段密度的模式。VplotR有助于在单个或聚集的感兴趣的基因组位点上生成v图和足迹剖面。

作者:Jacques Serizay [aut, cre]

维护者:Jacques Serizay

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VplotR”)

超文本标记语言	R脚本	VplotR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，对齐，BiologicalQuestion，报道，NucleosomePositioning，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，GenomicRanges，IRanges，ggplot2
进口	cowplot，magrittr，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，RColorBrewer，动物园，Rsamtools，S4Vectors平行,reshape2，方法，图形，统计
链接
建议	GenomicFeatures，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，testthat，covr，knitr，rmarkdown，pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/VplotR
BugReports	https://github.com/js2264/VplotR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VplotR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	VplotR_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	VplotR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VplotR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VplotR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VplotR/
软件包下载报告	下载数据