这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VegaMC。
Bioconductor版本:3.14
这个包可以检测司机染色体不平衡包括杂合性丢失(LOH)阵列比较基因组杂交(aCGH)数据。VegaMC执行联合细分的数据集,并使用统计框架区分司机和乘客突变。VegaMC已经实现,这样就可以将立即与输出由PennCNV集成工具。此外,VegaMC产生的输出之间的两个网页,允许快速导航区域检测和基因改变。在web页面总结了改变基因,链接到各自的运用基因报告web页面。
作者:美国摩根氏菌属和m .切
维护人员:桑德罗摩根氏菌属< morganellaalx gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“VegaMC”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VegaMC”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“VegaMC”)
R脚本 | VegaMC | |
参考手册 |
biocViews | CopyNumberVariation,软件,aCGH |
版本 | 3.32.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.10 (r - 2.15)(10年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase |
进口 | 方法 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | VegaMC_3.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | VegaMC_3.32.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | VegaMC_3.32.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VegaMC |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VegaMC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/ |
包下载报告 | 下载数据 |