VarCon

DOI:10.18129 / B9.bioc.VarCon

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VarCon。

VarCon: R包获取邻近SNV的核苷酸

Bioconductor版本:3.14

VarCon R包将注释的位置信息转换为一个单核苷酸变异(SNV)(指的是编码序列或参考基因组序列)。它检索基因组参考序列在单核苷酸变异的位置。驴,SNV是否可能影响绑定的剪接调控蛋白VarCon calcualtes HEXplorer分数作为评估。此外,VarCon另外报告拼接网站检索中的基因组序列拼接的优势,由于SNV任何更改。

作者:约翰Ptok (aut (cre)

维护人员:约翰Ptok <约翰内斯。在posteo.de Ptok >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VarCon”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VarCon”)

HTML	R脚本	分析与VarCon SNVs
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,FunctionalGenomics,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	Biostrings,BSgenome,GenomicRangesR (> = 4.1)
进口	方法、统计数据IRanges,闪亮的,shinycssloaders,shinyFiles,ggplot2
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VarCon_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	VarCon_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	VarCon_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VarCon
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VarCon
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VarCon/
包下载报告	下载数据