左页
DOI:10.18129 / B9.bioc.VERSO
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅左页。
病毒进化重建(反面)
Bioconductor版本:3.14
突变,迅速积聚在病毒基因组大流行期间可以用来追踪病毒的进化,因此,解开病毒感染网络。到这种地步时,病毒测序样品可以用来估计模型从基因流行病学和服务,例如,估计未被发现的感染者的比例揭开神秘的传输,以及预测可能趋势的感染,住院,死亡,恢复的人。封底是一个算法框架,过程变异病毒样本的资料产生病毒进化的系统模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化对数似函数。左页包括两个独立的和后续步骤;在这个包中我们提供了一个R封底步骤1的实现。
作者:丹尼尔Ramazzotti (aut)
,Fabrizio Angaroni (aut),大卫Maspero (cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),卢卡·德·佐(aut)
维护人员:大卫。Maspero < d。在campus.unimib.it maspero >
从内部引用(R,回车引用(“反面”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“反面”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(反面)
| R脚本 | 左页 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BiomedicalInformatics,测序,软件,SomaticMutation |
| 版本 | 1.4.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1.0) |
| 进口 | 猿平行,Rfast,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO |
| BugReports | https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | VERSO_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | VERSO_1.4.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | VERSO_1.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VERSO |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/反面 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/VERSO/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
