VAExprs

DOI:10.18129 / B9.bioc.VAExprs

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VAExprs。

与变分Autoencoders生成样本的基因表达数据

Bioconductor版本:3.14

生物医学研究的一个基本问题是低数量的观察,主要是由于缺乏可用biosamples,高昂的成本,或道德的原因。通过增加一些实际观测与人工生成的样本,分析可能导致更健壮和更高的可再生的。一个可能的解决方案是使用生成模型、统计模型的数据,试图捕捉整个概率分布的观测。使用变分autoencoder (VAE),一个著名的深层生成模型,这个包的目的是生成样本的基因表达数据,特别是对单细胞RNA-seq数据。此外,VAE可以使用空调来产生特定的细胞类型或亚种。条件VAE (CVAE)允许我们创建目标样本而不是完全随机的。

作者:Dongmin荣格(cre, aut)

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VAExprs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	VAExprs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,SingleCell,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras,mclust
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,tensorflow,嘘gradDescent,CatEncoders,DeepPINCS,purrr,图,统计数据
链接
建议	SC3,knitr,testthat,网状,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VAExprs_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	VAExprs_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	VAExprs_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VAExprs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VAExprs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VAExprs/
包下载报告	下载数据