UMI4Cats

DOI:10.18129 / B9.bioc.UMI4Cats

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见UMI4Cats．

UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化

Bioconductor版本:3.14

UMI-4C是一种允许描述3D染色质与感兴趣的诱饵相互作用的技术，利用超声处理步骤产生独特的分子标识符(UMIs)，有助于消除重复偏差，从而允许更好地比较不同条件下染色质相互作用。这个包允许从测序工具提供的FastQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了两种检测差分接触的统计方法，并包括一个可视化功能来绘制来自UMI-4C检测的综合信息。

作者:Mireia Ramos-Rodriguez [aut, cre]，马克·苏比拉纳-格兰内斯[aut]，洛伦佐·帕斯夸里[aut]

维护者:Mireia Ramos-Rodriguez

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“UMI4Cats”)

超文本标记语言	R脚本	利用UMI4Cats分析UMI-4C数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,归一化,预处理,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment
进口	魔法,cowplot,尺度,GenomicRanges,ShortRead,动物园,ggplot2,reshape2,地区,IRanges,S4Vectors,magrittr,dplyr,BSgenome,Biostrings,DESeq2,R.utils,Rsamtools,stringr,Rbowtie2、方法、GenomeInfoDb,GenomicAlignments,RColorBrewer， utils, grDevices, stats，org.Hs.eg.db,注释,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rlang,GenomicFeatures,BiocFileCache,rappdirs,食品及药物管理局,BiocGenerics
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,tidyr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats
BugReports	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	UMI4Cats_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	UMI4Cats_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	UMI4Cats_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UMI4Cats
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/UMI4Cats
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/UMI4Cats/
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