TimiRGeN

DOI:10.18129 / B9.bioc.TimiRGeN

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TimiRGeN。

时间敏感microRNA-mRNA集成、分析和网络生成工具

Bioconductor版本:3.14

TimiRGeN(时间合并miR-mRNA代网络)是一种新型R包的功能分析和整合时间进程miRNA-mRNA微分表达数据。这个工具可以生成小型网络内R或导出结果cytoscape或pathvisio更详细的网络建设和假说的一代。这个工具为研究者希望创建深入阅读时间序列multi-omic数据集。TimiRGeN进一步比许多其他工具的数据减少。这里,可能成百上千的潜在miRNA-mRNA交互可以减少为少数高信心miRNA-mRNA交互影响信号通路,在时间进程。

作者:Krutik帕特尔(aut (cre)

维护人员:Krutik Patel < K。在newcastle.ac.uk Patel5 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TimiRGeN”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	TimiRGeN
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,网络,通路,软件,TimeCourse,可视化,microrna的
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),Mfuzz,MultiAssayExperiment
进口	biomaRt,clusterProfiler,dplyr(> = 0.8.4),FreqProf,gtools(> = 3.8.1),gplots,ggdendro,gghighlight,ggplot2、图形、grDevicesigraph(> = 1.2.4.2),RCy3,readxl,reshape2,rWikiPathways,尺度统计数据,tidyr(> = 1.0.2中),stringr(> = 1.4.0)
链接
建议	BiocManager,kableExtra,knitr(> = 1.27),org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/
BugReports	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TimiRGeN_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	TimiRGeN_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	TimiRGeN_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TimiRGeN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TimiRGeN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TimiRGeN/
包下载报告	下载数据