这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TVTB。
Bioconductor版本:3.14
包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。
作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)
维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“TVTB”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TVTB”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TVTB”)
HTML | R脚本 | 介绍TVTB |
HTML | R脚本 | 闪亮的变体的探险家 |
HTML | R脚本 | VCF过滤规则 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,报道,DNASeq,DataImport,DataRepresentation,GUI,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件,VariantAnnotation,可视化,WholeGenome |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 3.4)、方法、效用,统计数据 |
进口 | AnnotationFilter,BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel,Biostrings,ensembldb,ensemblVEP,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GGally,ggplot2,Gviz,limma,IRanges(> = 2.21.6),reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.19.9) |
链接 | |
建议 | EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown,testthat,covr,老鸨 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/kevinrue/TVTB |
BugReports | https://github.com/kevinrue/TVTB/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | TVTB_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | TVTB_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TVTB |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/ |
包下载报告 | 下载数据 |