TVTB

DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TVTB

TVTB: VCF工具箱

Bioconductor版本:3.14

包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“TVTB”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TVTB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TVTB”)

HTML R脚本 介绍TVTB
HTML R脚本 闪亮的变体的探险家
HTML R脚本 VCF过滤规则
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,报道,DNASeq,DataImport,DataRepresentation,GUI,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件,VariantAnnotation,可视化,WholeGenome
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.4)、方法、效用,统计数据
进口 AnnotationFilter,BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel,Biostrings,ensembldb,ensemblVEP,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GGally,ggplot2,Gviz,limma,IRanges(> = 2.21.6),reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.19.9)
链接
建议 EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown,testthat,covr,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kevinrue/TVTB
BugReports https://github.com/kevinrue/TVTB/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 TVTB_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉) TVTB_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TVTB
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网