烤面包

DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅烤面包。

分析异构组织的工具

Bioconductor版本:3.14

这个包是用于高通量数据分析(如基因表达微阵列、DNA甲基化芯片、RNA-seq)从复杂组织。目前的功能包括1。检测特异性或跨单元类型微分信号2。基于树的微分分析3。改善reference-free反褶积的变量选择4。部分reference-free反褶积与先验知识。

作者:章子怡李和张胖子Luxiao陈郝

维护人员:李章子怡< zli16 mdanderson.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“土司”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“土司”)

HTML	R脚本	烤面包的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,GeneTarget,MethylationArray,微阵列,软件
版本	1.8.3
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6),EpiDISH,limma,nnls,quadprog
进口	统计数据、方法SummarizedExperiment,corpcor,doParallel平行,ggplot2,tidyr,GGally
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,gplots,matrixStats,矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ziyili20/TOAST/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TOAST_1.8.3.tar.gz
Windows二进制	TOAST_1.8.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	TOAST_1.8.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/面包
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/
包下载报告	下载数据