烤面包

DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅烤面包

分析异构组织的工具

Bioconductor版本:3.14

这个包是用于高通量数据分析(如基因表达微阵列、DNA甲基化芯片、RNA-seq)从复杂组织。目前的功能包括1。检测特异性或跨单元类型微分信号2。基于树的微分分析3。改善reference-free反褶积的变量选择4。部分reference-free反褶积与先验知识。

作者:章子怡李和张胖子Luxiao陈郝

维护人员:李章子怡< zli16 mdanderson.org >

从内部引用(R,回车引用(“土司”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“土司”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“土司”)

HTML R脚本 烤面包的用户指南
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文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,GeneTarget,MethylationArray,微阵列,软件
版本 1.8.3
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.6),EpiDISH,limma,nnls,quadprog
进口 统计数据、方法SummarizedExperiment,corpcor,doParallel平行,ggplot2,tidyr,GGally
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,gplots,matrixStats,矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/ziyili20/TOAST/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 TOAST_1.8.3.tar.gz
Windows二进制 TOAST_1.8.3.zip
macOS 10.13(高山脉) TOAST_1.8.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/面包
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/
包下载报告 下载数据

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  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网