TFutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFutils

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见TFutils．

TFutils

Bioconductor版本:3.14

这个包帮助用户使用来自不同来源的TF元数据。提供了重要的tf目录及其分类。还提供了用于motif扫描的工具。

作者:Vincent Carey [aut, cre]， Shweta Gopaulakrishnan [aut]

维护者:Vincent Carey

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TFutils”)

超文本标记语言	R脚本	fimo16的注释
超文本标记语言	R脚本	TFutils——表示TFBS和TF目标集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件，转录组
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	方法,dplyr，magrittr，miniUI，闪亮的，Rsamtools，GSEABase，rjson，BiocFileCache，DT，httr，readxl，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db,跑龙套
链接
建议	knitr，data.table，testthat，AnnotationFilter，Biobase，GenomicFeatures，GenomicRanges，Gviz，IRanges，S4Vectors，EnsDb.Hsapiens.v75，BiocParallel，BiocStyle，GO.db，GenomicFiles，GenomeInfoDb，SummarizedExperiment，UpSetR，ggplot2，png，gwascat，MotifDb，motifStack，RColorBrewer，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TFutils_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	TFutils_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	TFutils_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFutils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFutils/
软件包下载报告	下载数据